·Va nèixer en una granja a prop de Clarksdale (Mississippi), del matrimoni format per William Hooker i Minnie Ramsey. El seu pare era parcer i pastor de l'esglèsia baptista. Va tenir sis germans i quatre germanes.
Quan era petit, la seva família es va traslladar a una altra granja en una plantació bananera propera, on va conèixer als bluesman Snooky Pryor i Jimmy Rogers. Al 1928 els seus pares es van separar i John va ser l'únic germà que va quedar a cura de la seva mare.
La seva mare es va tornar a casar, aquest cop amb el músic local de blues William Moore, que va ensenyar a John a tocar la guitarra quan tenia tretze anys. Hooker va relatar posteriorment que gràcies a ell va conèixer, de petit, a llegendes com Blind Lemon Jefferson o Charlie Patton, que anaven de visita a casa seva.
Al 1931 decideix emigrar cap al nord industrial, igual que feien molts altres negres del sud en aquella època. Primer va arribar a Memphis, on va viure a casa d'una tieta, va treballar en cinemes locals i va tocar amb Robert Lockwood. Al 1935 es va traslladar a Cincinnati, on alternava treballs d'enllustrador o d'acomodador en teatres amb actuacions en grups de gospel. Després d'un període en l'exèrcit, es va instal·lar a Detroit durant la II Guerra Mundial, al 1943, on aconsegueix una feina en la indústria de l'automòbil, el sou l'aconsegueix complementar cantant en bars de suburbis. Allí es va casar dues vegades. Amb la seva segona dona, Maude Mathis, va tenir sis fils.

Carrera musical
La carrera musical d'Hooker va començar al 1948 quan va aconseguir l'èxit amb el single "Boogie xisclin", cantat en un estil mig parlat que es convertiria en característic. Rítmicament, la seva música era molt lliure, característica que ha estat comuna entre els primers músics acústics de blues del Delta. El seu frasejat no estava tan lligat als estàndards de la majoria dels cantants de blues. Aquest estil informal i incoherent es va anar diluint amb l'aparició de les bandes de blues elèctric de Chicago però, fins i tot quan no tocava sol, Hooker va mantenir el seu propi so.
Al 1955 va acabar el seu contracte amb Modern Records i va fitxar per la companyia Vee Jay, de Chicago, que va publicar els clàssics Dimples i Boom Boom.
Va mantenir, però, una carrera en solitari, sent sempre popular entre els aficionats al blues i al folk de principis dels anys 1960, el que li va valer arribar també a l'audiència blanca.
Discos com Black snake (1959), Wednesday evening blues (1960) o Birmingham blues (1963) van afirmar el seu prestigi de banda a banda de l'Atlàntic. Al 1970 es va apropar de nou als corrents de moda al gravar l'àlbum Hooker 'n' Heat amb Canned Heat.
L'any 1977 John Lee va fer un concert com a convidat amb Foghat i Paul Butterfield.
Al 1980, va aparèixer en la pel·lícula Blues Brothers, interpretant el tema Boom Boom en un suburbi.
Un altre èxit, de molts en la seva carrera, va arribar el 1989 quan, al costat de diverses estrelles convidades, incloent a Carlos Santana i la seva banda, Bonnie Raitt, Els Llops, entre d'altres, va gravar The Healer, que va guanyar un Premi Grammy.
Hooker va gravar més de 100 discos i va viure els últims anys de la seva vida a San Francisco, on tenia un club anomenat el "Boom Boom Room", anomenat així per un dels seus èxits.